养虎卧内，识者以为忧”。他还把天主教比作白莲教，诬其暗中结社，图谋不轨，说教徒张贴十字架极有可能是一种妖术，而使用望远镜明为观察天文，实则十分可疑。
杨光先的这些文章极有煽动性。为了扩大影响，他把《辟邪论》《距西集》印行五千册，四处散发。其所产生的效果，用他的话说是“朝野多谬许之”。也就是说，大多数人都表示赞许。后来，他的《不得已》印行时，有人称杨“实为本朝第一有识有胆人”，赞其书“正人心，息邪说”，“持论锐利”，实为“第一有关名教、有功圣学、有济民生之书”。据史料记载，此书印行后，西人以重金购之，每部二百金，“悉为焚毁，欲灭其迹”。至雍、乾年间“传本已鲜”，极为珍贵，由此也可见影响之大。
当然，对于杨光先来说，这些声讨只是开始。或者说，只是一种战前的热身，为了从思想舆论上先声夺人。到了顺治十七年（1660年），他的正面强攻开始了。
这一年的五月和十二月，他先后两次上疏，弹劾汤若望等传教士。第一次上疏，史料不存，难窥其貌，而第二次上疏，其文稿以《正国体呈稿》为题收入《不得已》集。该疏从历法入手，控告汤若望两大罪状。其一是暗窃正朔，盗窃名器。原来，汤若望完成《时宪历》一百卷进呈朝廷时，首页写了“依西洋新法”字样。在杨光先看来，大清之官，修大清之历，历面上怎么能写“依西洋新法”？这是不尊皇上，而把西洋奉为正朔。对此，他早在五月第一次上疏时，就纠弹过此事，可汤若望置若罔闻，不知检举改正，以赎不臣之罪，而是坚持不改，“是藉大清之历，以张大其西洋”，“罪不容诛矣”。
其二，新法推闰有误。其中特别提到将立春提前一天，“是不应立春之日而立春，应立春之日而不立春”。每年立春，皇上都要进行迎春大典，这是何等重要的大事!现在新法居然弄错日期，淆乱盛典，其“亵天帝而慢天子，莫此为甚焉”，这是该杀之罪!
最后，他总结说：“总之，西洋之学，左道之学也。其所著之书，所行之事，靡不悖理叛道”，而天主教人之狼子野心，“谋夺他国，是其天性”。如今他们呼朋引类，外集广澳，内外沟连，不可不防。如果任其“党与炽盛”，“不几养虎自贻患哉”!
但是，这两次上疏均未达到目的。第一次是“不得上达”，第二次则是“礼部未准”。究其原因，乃与汤若望此时恩宠未减，地位稳固不无关系。
汤若望从顺治朝到康熙初年，不仅深得皇父摄政王多尔衮的信任，而且与孝庄皇太后及小皇帝福临本人都关系亲密。汤若望学识丰厚，对于天文、地理、制造、火器和医学都有相当的研究，这使清皇室对他尊重有加。有一次，皇太后生病，派人来咨询汤若望。汤若望当时并不知道病人是谁，但听了来者讲述，知病情不重，乃取铜牌一枚让来人带回让病人佩戴，不久太后病愈，后来太后一直戴着这枚铜牌，以为佑护。还有一次，顺治帝的皇后患病，也被汤若望治好。这些都使皇太后对汤若望心生崇敬，并尊其为义父，而顺治帝也尊称汤为玛法，即满语祖父。顺治临朝后，对汤若望更是礼遇有加。除了加官晋爵，恩赏不断，还经常召汤进宫，或亲临馆舍，与之交谈。顺治帝是一个勤学的皇帝，由于年幼娇养失学，临朝后发愤苦读，五更起读，至晚不辍，前后九年，几曾呕血。在与汤若望的交往中，他经常向汤若望请教天文、历法等方面的问题，并征询有关军国大事方面的意见，双方来往密切。考虑到汤年事已高，顺治不仅免除他君臣跪拜之礼，还专门为他备下一个舒适的软椅，而汤若望每每进出宫廷也“有如家人父子”一般。汤若望一度还想劝说顺治皈依天主教，但未能成功。
这些礼遇和厚待，除了个人之间的感情和信赖之外，也与清初宽容的宗教政策不无关系。满族信奉萨满教，但入关以后，对汉人的佛、道、儒三教并不排斥，允许其与萨满教并存。历史学家陈垣先生说，清初顺治、康熙对天主教并不认可。顺治帝看过天主教书籍后大不以为然，认为荒唐悠谬之说，无逾此书。康熙也说过此类的话，但这并未妨碍他们对天主教采取宽容的态度。
由于受到清皇室的礼遇，汤若望在清初的地位一直受到重视，他的意见甚至对皇帝本人也有影响。杨光先在文章和奏疏中多次说到“邪教之力如此重哉”，以至于“举世学人，不敢一加纠正”，“事关万古纲常，愤无一人请讨”，他要“不惜齑粉”“忿不顾身”云云。这些话虽有夸大成分，但也并非凭空所指，从中亦可见汤若望的影响之大。
顺治十六年（1659年）的两次参劾虽然失败了，但杨光生并未罢手，一边四处活动，积极准备，一边等待时机。这期间，他又一口气写了多篇排教文章。从收入《不得已》的文章篇目看，有《与许青屿侍御书》《选择议》和《孽镜》等。这些文章与他前期写的文章一脉相承。在《与许青屿侍御书》中，他对《天学传概》一书全面批判，声罪致讨。《传概》是一本宣扬天主教教义的书，由传教士利类思和安文思所著，后经李祖白润色，并以他的名义